В файлике /etc/X11/XF86Config-4 секцию InputDevice нужно привести примерно к такому виду:

Section "InputDevice" 
    Identifier "Keyboard1" 
    Driver "Keyboard" 
    Option "XkbModel" "pc105" #тут оставить свое 
    Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys),ua(winkeys)" # для 3-х языков (eng,rus,ukr) 
#   Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys)" # для 2-х языков (eng,rus) 
    Option  "XkbOptions" "grp:ctrl_shift_toggle,grp_led:scroll" # индикатор ScrollLock 
EndSection

В приведенном примере также разблокируется доступ к виртуальным текстовым консолям по CTRL+F1, CTRL+F2 ....

Если нужно только 2 языка, снимите комментарий со строки

#   Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys)"

и закомментируйте строку

Option "XkbLayout" "us,ru(winkeys),ua(winkeys)"

Не забудьте перед внесением изменений сделать резервную копию файла /etc/X11/XF86Config-4. Это можно сделать следующей командой:

# cp -f /etc/X11/XF86Config-4 /etc/X11/XF86Config-4.backup

Не забудьте после внесения изменений перезагрузить X-сервер. Для перезапуска X-server закройте все приложения и нажмите CTRL+BackSpace.